Stronie niezadowolonej z decyzji przysługuje środek odwoławczy, przy czym zaskarżenie decyzji prezesa URE następuje w innym trybie niż tryb obowiązujący w przypadku typowych decyzji administracyjnych. Co do zasady, do postępowania przed Prezesem URE stosuje się przepisy kodeksu postępowania administracyjnego (k.p.a.). Nie dotyczy to jednak ścieżki odwoławczej od decyzji wydawanych przez regulatora. Ustawa – Prawo energetyczne przewiduje bowiem, że od decyzji prezesa URE służy odwołanie do Sądu Okręgowego w Warszawiesądu antymonopolowego. Stanowi to wyjątek od generalnej zasady wynikającej z k.p.a., zgodnie z którą od decyzji organu wydanej w pierwszej instancji przysługuje odwołanie do organu wyższego stopnia.

Odwołanie od decyzji prezesa URE należy wnieść w terminie dwutygodniowym od dnia doręczenia decyzji. Postępowanie w sprawie tego odwołania toczy się według przepisów kodeksu postępowania cywilnego o postępowaniu w sprawach gospodarczych. Oznacza to m.in., że odwołanie wnosi się do sądu za pośrednictwem prezesa URE. Jeżeli prezes URE uzna odwołanie za słuszne, może nie przekazywać akt sądowi i uchylić albo zmienić decyzję w całości lub w części, powiadamiając stronę i przesyłając jej nową decyzję, od której stronie służy odwołanie. W przeciwnym razie prezes URE przekazuje niezwłocznie odwołanie wraz z aktami sprawy do sądu. Odwołanie od decyzji prezesa URE powinno czynić zadość wymaganiom przewidzianym dla pisma procesowego i zawierać oznaczenie zaskarżonej decyzji i wartość przedmiotu sporu, przytoczenie zarzutów, zwięzłe ich uzasadnienie, wskazanie dowodów, a także zawierać wniosek o uchylenie lub zmianę decyzji w całości lub w części. Sąd oddala odwołanie od decyzji prezesa URE, jeżeli nie ma podstaw do jego uwzględnienia. W razie uwzględnienia odwołania sąd decyzję albo uchyla, albo zmienia w całości lub w części i orzeka co do istoty sprawy.