Kwiatkowski mówił to przedstawiając raport Najwyższej Izby Kontroli ws. prywatyzacji 15 państwowych spółek - w tym Ciech SA, w prywatyzacji której NIK dostrzegła istotne uchybienia. Wielokrotnie pytany, czy nie uważa, że powinien podać się do dymisji odpowiadał, że gdyby jakiekolwiek jego spotkania lub rozmowy miały się przełożyć na funkcjonowanie Izby, "byłby to zły znak zarówno dla tej instytucji, jak i dla pracujących w niej osób".

"Jestem przekonany, że jak najszybciej powinno się wyjaśnić wątpliwości, które ma prokuratura. Nie może to też budzić wątpliwości dla każdego kontrolera w Izbie - że ich autonomia jest też chroniona" - mówił prezes NIK. Proszony o komentarz do złożonego przez PiS poselskiego projektu ustawy dotyczącej wspólnych dla szefów NIK, RPO, NBP i innych organów zasad uchylania im immunitetów Kwiatkowski odparł, że "każdy przepis prawa musi być oceniany z punktu widzenia niebudzących wątpliwości intencji usuwania luk z przepisów prawa - intencje nie mogą budzić najmniejszych wątpliwości. Jeśli chodzi tylko o porządkowanie przepisów, to nie mam zastrzeżeń" - dodał.

Kilka miesięcy temu katowicka prokuratura apelacyjna ogłosiła, że chce postawić zarzuty przekroczenia uprawnień Kwiatkowskiemu oraz b. posłowi PSL Janowi Buremu. Katowickie śledztwo toczy się od listopada 2013 r. po zawiadomieniu złożonym przez CBA. Początkowo wszczęto je pod kątem nadużycia uprawnień przez członków zarządu Elektrowni Kozienice i funkcjonariuszy publicznych w związku z postępowaniem przetargowym. Postępowanie ma jednak znacznie szerszy zakres i składa się z kilkudziesięciu wątków.

B. poseł PSL został zatrzymany 18 listopada przez CBA. Kolejnego dnia Prokuratura Apelacyjna w Katowicach przedstawiła mu sześć zarzutów, dotyczących m.in. przyjmowania wysokich łapówek za wpływanie na działanie różnych instytucji państwowych, m.in. NIK. Według prokuratury nakłaniał on pracowników NIK do przekroczenia uprawnień i manipulowania wynikami konkursów w Izbie. W tym przypadku śledczy nie sięgali po żadne środki zapobiegawcze. Bury nie przyznaje się do żadnego z zarzucanych mu przestępstw. W związku z zarzutami dotyczącymi NIK katowicka prokuratura w sierpniu wystąpiła do Sejmu o uchylenie Buremu immunitetu. Sejm poprzedniej kadencji nie zdążył rozpoznać wniosku ws. Burego, który nie zdobył mandatu w wyborach 25 października. Łącznie chodzi o ponad 900 tys. zł. Może za to grozić kara do 12 lat więzienia.

W tym samym wątku prokuratura chce przedstawić zarzuty przekroczenia uprawnień także prezesowi Izby Krzysztofowi Kwiatkowskiemu, b. wiceprezesowi NIK Marianowi Cichoszowi oraz wicedyrektorowi rzeszowskiej delegatury Pawłowi Adamskiemu (całą tę trójkę chronią immunitety). Według ustaleń prokuratury Bury miał się spotkać z Kwiatkowskim w jednej z warszawskich restauracji i ustalić, że w celu wybrania Adamskiego jako kandydata na stanowisko wiceszefa delegatury NIK w Rzeszowie, szef NIK powoła siebie do składu komisji konkursowej, wejdzie też do niej Cichosz.

Po ujawnieniu sprawy Kwiatkowski sam postanowił wyłączyć się z prac Izby i wniósł do Sejmu o uchylenie mu immunitetu, po kilku miesiącach powrócił do urzędowania. Zapewnił, że "zawsze postępował uczciwie". Sejmowa komisja regulaminowa Sejmu minionej kadencji uznała, że nie jest "właściwa", by zająć się sprawą immunitetu prezesa NIK. Okazało się, że w przepisach jest luka, która spowodowała, że nie można było uchylić immunitetu Kwiatkowskiemu - mimo że sam o to wnosił. Pojawiły się też interpretacje przepisów, według których wszczęcie postępowania przed TS wstrzymuje bieg śledztwa. W sprawie Burego katowicki sąd prawomocnie oddalił wniosek prokuratury o aresztowanie b. posła. Bury zapewnia, że udowodni swoją niewinność. Śledczy domagali się aresztowania polityka stojąc na stanowisku, że tylko ten środek zapobiegawczy może zabezpieczyć prawidłowy tok postępowania.