Jeżeli Rzecznik działa na wniosek i podejmuje sprawę indywidualną, to wówczas może samodzielnie prowadzić postępowanie wyjaśniające, zwrócić się o zbadanie akt sprawy do właściwych organów, zwrócić się do Sejmu o zlecenie Najwyższej Izbie Kontroli przeprowadzenia kontroli. W ramach samodzielnie prowadzonego postępowania wyjaśniającego, na skutek podjęcia sprawy na wniosek, Rzecznik może badać każdą sprawę na miejscu i żądać przedstawienia akt każdej sprawy indywidualnej prowadzonej w szczególności przez organy administracji rządowej i samorządowej, żądać przedłożenia informacji o stanie sprawy prowadzonej przez sądy, zlecać sporządzanie ekspertyz i opinii. Podejmując interwencję, Rzecznik kieruje wystąpienie do organu, który naruszył prawa i wolności. Wystąpienie to może zawierać żądanie wszczęcia postępowania dyscyplinarnego lub zastosowania sankcji służbowych. Organ, do którego zostało skierowane wystąpienie, ma obowiązek poinformować Rzecznika o podjętych działaniach lub swoim stanowisku. Jeśli Rzecznik nie podziela tego stanowiska, to może zwrócić się do jednostki nadrzędnej nad urzędem o stosowną interwencję.

Praktyka nie udziela, niestety, jasnej odpowiedzi, czy objęte właściwością Rzecznika działania lub zaniechania organów władzy publicznej muszą wiązać się z sytuacją prawną jednostki, czy też Rzecznik może czynić przedmiotem swoich interwencji także inne odcinki funkcjonowania tych organów. Sąd Najwyższy uznawał za legitymowane wnioski Rzecznika (w przedmiocie rewizji nadzwyczajnej od wyroków NSA) w każdym wypadku, w którym zdaniem Rzecznika doszło do rażącego naruszenia prawa lub interesu Rzeczypospolitej, a nie tylko w interesie indywidualnych obywateli. Jednak określone w ustawie uprawnienia o charakterze kontrolno-inspekcyjnym przysługują Rzecznikowi wtedy, kiedy podejmuje on sprawę, co może nastąpić na skutek wniosku, zgodnie z założeniem, w myśl którego konstytucja ustanawia Rzecznika jako organ stojący na straży indywidualnych wolności i praw, nie zaś na straży prawa w ogóle, choć rozróżnienie to może okazać się pozorne i trudne do przeprowadzenia.

Istotne znaczenie ma podejmowane przez Rzecznika z własnej inicjatywy występowanie do właściwych organów o podjęcie inicjatywy ustawodawczej lub zmianę innych aktów prawnych w sprawach dotyczących wolności i praw, występowanie z wnioskami do Trybunału Konstytucyjnego, zgłaszanie udziału w postępowaniu przed Trybunałem Konstytucyjnym w sprawach dotyczących skarg konstytucyjnych, występowanie z wnioskami do Sądu Najwyższego o podjęcie uchwały mającej na celu wyjaśnienie przepisów prawnych.