Możliwe, że beneficjenci, w tym jednostki samorządu terytorialnego, których projekt zostanie odrzucony przez komisję konkursową, będą mogli dochodzić swoich praw w trybie sądowoadministracyjnym. Jeszcze pod koniec lipca do Trybunału Konstytucyjnego trafiła skarga rzecznika praw obywatelskich na art. 37 ustawy o zasadach prowadzenia polityki rozwoju.
- uniemożliwienie stosowania przepisów kodeksu postępowania administracyjnego przy procedurze ubiegania się o unijne wsparcie,
- wyłączenie przepisów dotyczących postępowania przed sądami administracyjnymi w przypadku odmowy dofinansowania,
- naruszenie konstytucyjnego prawa do sądu przez nienależytą ochronę podmiotów ubiegających się o dofinansowanie,
- wyłączenie kontroli i działań organów administracji publicznej przez sądy administracyjne.