Osoby, które występują z Kościoła, często domagają się wykreślenia swych danych z ksiąg, a przynajmniej odnotowania faktu apostazji. Często też wnoszą do GIODO, by ten sprawdził, czy takie adnotacje rzeczywiście wprowadzono. Początkowo odmawiał on, uznając, że nie ma do tego prawa ze względu na autonomię Kościoła. Zmieniły to orzeczenia sądów administracyjnych uznające, że w przypadku osób, które skutecznie dokonały aktu apostazji, GIODO ma uprawnienia kontrolne, gdyż nie są już one członkami Kościoła. Pojawił się jednak problem, jak to udowodnić. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego zarysowały się trzy różne linie orzecznicze: jedna odwołująca się do prawa kanonicznego, druga do przepisów konstytucji. Z kolei najnowsza, trzecia wskazuje, że apostata powinien przedstawić GIODO akt chrztu z właściwą adnotacją.

Dziś sprawą zajmie się siedmioosobowy skład NSA, który na wniosek rzecznika praw obywatelskich ma wydać uchwałę abstrakcyjną. Ma ona jednoznacznie wskazać, jak udowadniać przed GIODO fakt wystąpienia z Kościoła i to nie tylko katolickiego, ale i innych, a także ze związków wyznaniowych.