Sądy wojskowe mają rozpatrywać jedynie przestępstwa dokonane podczas służby wojskowej, w obrębie obiektu wojskowego lub polegające na naruszeniu obowiązku, wynikającego ze służby. Reszta spraw, dotyczących żołnierzy i pracowników, wojska ma zostać przekazana sądom powszechnym.

Reguluje to nowelizacja Kodeksu postępowania karnego, która obecnie znajduje się w Senacie.

Nowelizacja przewiduje także możliwość przekazania sprawy sądowi powszechnemu w przypadku zwolnienia żołnierza z czynnej służby wojskowej. Dotyczy to przestępstw popełnionych przeciw organowi wojskowemu lub żołnierzowi podczas pobytu za granicą.

W 2007 roku wojskowe sądy garnizonowe i okręgowe rozpoznały 3228 spraw karnych. Wojskowe sądy okręgowe w postępowaniu apelacyjnym rozpoznały 246 spraw. Natomiast sądy garnizonowe - 1963 sprawy o wykroczenia. Nowelizacja ma przyczynić się do zmniejszenia liczby spraw karnych w tych sądach o 40-50 proc. Natomiast w przypadku wykroczeń - byłoby to o 70 proc. mniej.

Wzrośnie natomiast obciążenie sądów powszechnych; będzie to dotyczyć głównie Warszawy, Wrocławia, Trójmiasta i Krakowa. W tych sądach liczba spraw o przestępstwa wzrośnie o 1,5-1,7 tys., natomiast o wykroczenia - 1,3-1,5 tys.

Zgodnie z nowelizacją sprawy o przestępstwa popełnione przez żołnierza w służbie wojskowej za granicą mają być rozpatrywane przez sądy wojskowe. Do połowy lipca 2008 roku wszczęto 47 spraw karnych, z czego 18 dotyczy kontyngentu w Iraku, a 29 - kontyngentu w Afganistanie.